Con la Reconquista de la Península Ibérica por los cristianos, los judíos comenzaron a temer por su suerte. Sin embargo, al menos en Portugal hasta mediados del siglo XV, gozaron de relativa libertad, aunque tuvieron que pagar impuestos exorbitantes.
Alcanzaron un gran protagonismo en la vida pública portuguesa, como diplomáticos, asesores reales, administradores, médicos, matemáticos, astrónomos, comerciantes y banqueros (aunque la mayoría de la población judía estaba compuesta por personas con profesiones mucho más modestas, a saber, sastres, zapateros, tejedores, pastores y pequeños comerciantes). Esta proyección comenzó a generar descontento entre la gente, que sentía que "el cristianismo estaba sujeto a la jurisdicción judía". (como se quejaba un fraile en una carta a don Alfonso V). Tal clima de insatisfacción se generalizó y los judíos comenzaron a ser víctimas de persecución y violencia por parte de los populares.
La situación en España desde mediados del siglo XIV ya presagiaba el destino que esperaba a los judíos portugueses. En Toledo, en 1355, 12,000 judíos murieron como resultado de la persecución religiosa; el número llegó a 50,000 en Palma de Mallorca, en 1391. Con el inicio de las operaciones de la Inquisición, o "Inquisición de Santa", en 1478, el temor se extendió entre los judíos de España. Temiendo por su propia suerte, miles se convirtieron al catolicismo, mientras que otros buscaron refugio en Portugal. El volumen de refugiados aumentó dramáticamente cuando en 1492 se decretó la expulsión de judíos de España.
La mayoría de los prófugos cruzaron la frontera con Portugal en busca de refugio, bajo la licencia de tránsito de ocho meses otorgada por el rey D. João II.
Este gran contingente de miles de judíos (93,000 según los relatos del contemporáneo Andrés Bernaldez) fugitivos sin bienes y dinero ha despertado el espíritu de los portugueses.
Además de la ira popular, los inmigrantes tuvieron que lidiar con la inteligencia de Dom João II, quien vio la oportunidad de sacar provecho de la desgracia de los demás: el rey instituyó el cobro de dos escudos por cada inmigrante, para que pudieran permanecer en Portugal durante ocho meses.
Al final de la estancia, los judíos no pudieron abandonar Portugal (no había suficientes barcos para transportarlos, o eso se decía), el rey ordenó que se vendieran como esclavos. Los niños de entre dos y diez años fueron separados de sus padres, bautizados y llevados a colonizar las islas de Santo Tomé y Príncipe, donde la mayoría no resistió las condiciones climáticas.
A pesar de esto, todavía viven en esas islas descendientes de estos judíos, quienes, como evidencia de resistencia cultural extrema, aún conservan algunas costumbres judías.
Con el ascenso de Dom Manuel I al trono portugués en 1495, los esclavos castellanos fueron liberados. Sin embargo, la boda anunciada por el rey con la princesa Isabel de España puso a los judíos nuevamente en tensión. Esto se debía a que el contrato de matrimonio incluía una cláusula que requería la expulsión de los herejes (moros y judíos) del territorio portugués, tal como lo habían hecho los reyes españoles en 1492.
El rey Manuel Traté de hacer que la princesa reconsiderara (ya que necesitaba el capital y el conocimiento técnico de los judíos para su proyecto de desarrollo portugués), pero todo fue en vano. El 5 de diciembre de 1496, Dom Manuel firmó el decreto para la expulsión de los herejes, otorgándoles un plazo hasta el 31 de octubre de 1497 para que abandonaran el país. Para los judíos, el rey les permitió optar por la conversión o el destierro, con la esperanza de que muchos fueran bautizados, aunque solo fuera proforma.
Los judíos, sin embargo, no estaban convencidos y la gran mayoría decidió abandonar el país. Cuando el rey vio caer su estrategia al suelo, cerró todos los puertos en Portugal, excepto el puerto de Lisboa, para evitar su fuga.
Como los judíos constituían una parte importante de la élite económica, cultural y científica del país, el rey quería evitar su fuga y concentró alrededor de 20,000 judíos en el puerto de Lisboa, esperando el transporte para abandonar el territorio portugués.
En abril de 1497, el rey hizo secuestrar a niños judíos menores de 14 años para que fueran criados por familias cristianas, lo que se hizo con gran violencia. En octubre de 1497, los que todavía se resistían a la conversión fueron arrastrados a la fuente bautismal por la gente motivada por el clero fanático y con la complacencia de las fuerzas del orden.
Fue a partir de estos bautismos masivos y forzados que surgieron los marranos, o cripto judíos, que practicaban el judaísmo en secreto, aunque profesaban públicamente la fe católica.
& Ldquo; Nuevos cristianos & rdquo; nunca fueron realmente bien aceptados por la población "antigua cristiana", que desconfiaba de la sinceridad de la fe de los conversos. Esta desconfianza se convirtió en violencia explícita en 1506, cuando tuvo lugar el Pogrom de Lisboa. La plaga se ha extendido a la ciudad desde enero, causando docenas de víctimas por día. En abril, una vez más inflado por el clero fanático, que culpó a & ldquo; nuevos cristianos & rdquo; Debido a la calamidad, la población los atacó, matando a más de dos mil, incluidos hombres, mujeres y niños.
Para los judíos portugueses, el Pogrom de Lisboa fue la gota que colmó el vaso. Estaba comenzando una nueva diáspora judía, y algunos se dirigieron al norte de Europa, donde fundaron comunidades en los Países Bajos y Alemania. Otros fueron al sur de Francia, e incluso a Inglaterra. Algunos judíos prefirieron regresar al Oriente Medio, después de haber sido bien recibidos por los turcos otomanos.
Los judíos portugueses también llegaron con los holandeses a la capitanía luso-brasileña de Nova Lusitânia, Pernambuco y, consecutivamente a toda la región norte del noreste de Brasil entre los años 1630 a 1654. En Recife, capital de Nueva Holanda, fundaron la primera sinagoga en las Américas. , la Sinagoga Kahal Zur Israel, bajo la dirección del gran chakra Isaac Aboab da Fonseca, autor de los primeros textos literarios y religiosos escritos en hebreo en las Américas.
Con la reconquista portuguesa del noreste de Brasil y la prohibición de practicar el judaísmo, la comunidad se dispersó, algunos regresaron a Amsterdam, otros emigraron a otras colonias holandesas en el sur, centro y norte de América, y una parte permaneció, refugiándose en el interior, en el interior del noreste de Brasil, donde se convirtieron en cripto judíos.
En Nueva York, que era una colonia holandesa con el nombre de Nueva Amsterdam, un grupo de 23 judíos llegó de Recife en septiembre de 1654, donde fundaron la primera comunidad judía en esa ciudad.
Aunque la presencia judía en el continente americano data de un siglo y medio antes de la conquista de la Compañía Holandesa de las Indias Occidentales en el noreste de Brasil, los judíos convertidos (nuevos cristianos) fueron parte de la expedición portuguesa que, bajo el mando del Capitán Cabral, & ldquo; descubierto y rdquo; Brasil el 22 de abril de 1500.
Incluso después de la abolición del Tribunal do Santo Ofício, en 1821, el criptojudaísmo continuó practicándose en Portugal, especialmente en Beira Interior, Trás-os-Montes y Belmonte.